Клінічні кафедри розташовані на базі провідних закладів охорони здоров’я.
КНП «Запорізька обласна клінічна лікарня» ЗОР є клінічною базою для 9 кафедр:
- внутрішніх хвороб 3;
- госпітальної хірургії;
- травматології та ортопедії;
- медицини катастроф, військової медицини та нейрохірургії;
- акушерства і гінекології;
- клінічної фармакології, фармації, фармакотерапії і косметології;
- пропедевтики внутрішньої медицини, променевої діагностики та променевої терапії;
- онкології та онкохірургії;
- внутрішніх хвороб 1 та симуляційної медицини.
КНП «Запорізька обласна клінічна дитяча лікарня» ЗОР є клінічною базою 5 кафедр:
- госпітальної педіатрії;
- дитячої хірургії;
- дитячих хвороб;
- терапевтичної, ортопедичної та дитячої стоматології;
- пропедевтичної та хірургічної стоматології.
КНП «Обласна інфекційна клінічна лікарня» ЗОР є клінічною базою 2 кафедр:
- інфекційних хвороб;
- дитячих інфекційних хвороб;
- дерматовенерології та косметології з курсом дерматовенерології і естетичної медицини.
КНП «Запорізький регіональний фтизіо-пульмонологічний клінічний лікувально-діагностичний центр» ЗОР є клінічною базою кафедри фтизіатрії і пульмонології.
КНП «Обласний медичний центр серцево-судинних захворювань» ЗОР є клінічною базою 2 кафедр:
- внутрішніх хвороб 1та симуляційної медицини;
- терапевтичної, ортопедичної та дитячої стоматології;
- пропедевтики внутрішньої медицини, променевої діагностики та променевої терапії.
КНП «Обласний клінічний заклад з надання психіатричної допомоги» ЗОР є клінічною базою кафедри психіатрії, психотерапії, загальної та медичної психології, наркології та сексології.
КНП «Обласний медичний центр репродукції людини» ЗОР є клінічною базою кафедри акушерства, гінекології та репродуктивної медицини.
КУ «Запорізьке обласне бюро судово-медичної експертизи» ЗОР є клінічною базою кафедри патологічної анатомії та судової медицини.
КНП «Обласний перинатальний центр» ЗОР є клінічною базою 3 кафедр:
- акушерства і гінекології;
- інфекційних хвороб;
- дитячих хвороб..
КНП «Міська лікарня екстреної та швидкої медичної допомоги» ЗМР є клінічною базою 7 кафедр:
- внутрішніх хвороб1 та симуляційної медицини;
- загальної хірургії та післядипломної хірургічної освіти;
- анестезіології та інтенсивної терапії;
- урології;
- медицини катастроф, військової медицини та нейрохірургії;
- травматології та ортопедії;
- стоматології післядипломної освіти.
КНП «Міська лікарня №1» ЗМР є клінічною базою 2 кафедр:
- внутрішніх хвороб 3;
- факультетської хірургії.
КНП «Міська лікарня №2» ЗМР є клінічною базою кафедри загальної хірургії і післядипломної хірургічної освіти.
КНП «Міська лікарня №3» ЗМР є клінічною базою 2 кафедр:
- оториноларингології;
- офтальмології.
КНП «Міська лікарня №4» ЗМР є клінічною базою 2 кафедр:
- внутрішніх хвороб 1 та симуляційної медицини;
- загальної практики – сімейної медицини та внутрішніх хвороб.
КНП «Міська лікарня №6» ЗОР є клінічною базою 5 кафедр:
- пропедевтики внутрішньої медицини, променевої діагностики та променевої терапії;
- неврології;
- клінічної фармакології, фармації, фармакотерапії і косметології;
- фізичної реабілітації, спортивної медицини, фіз. виховання і здоров’я;
- клінічної лабораторної діагностики.
КНП «Міська лікарня №7» ЗМР є клінічною базою 2 кафедр:
- внутрішніх хвороб 2;
- загальної хірургії та післядипломної хірургічної освіти.
КНП «Міська лікарня №9» ЗМР є клінічною базою 2 кафедр:
- медицини катастроф, військової медицини та нейрохірургії;
- анестезіології та інтенсивної терапії.
КНП «Міська дитяча лікарня №5» ЗМР є клінічною базою 5 кафедр:
- факультетської педіатрії;
- дитячої хірургії;
- дитячих хвороб;
- дитячих інфекційних хвороб;
- пропедевтики дитячих хвороб.
КНП «Пологовий будинок №3» є базою кафедри акушерства та гінекології.
КНП «Міський пологовий будинок №9» ЗМР є клінічною базою для кафедри акушерства і гінекології.
КНП «Центр первинної медико-санітарної допомоги №6» ЗМР є клінічною базою кафедри клінічної фармації, фармакотерапії, фармакогнозії та фармацевтичної хімії.
Запорізький військовий госпіталь – військова частина А3309 є клінічною базою 4 кафедр:
- медицини катастроф, військової медицини та нейрохірургії;
- стоматології післядипломної освіти;
- травматології та ортопедії;
- психіатрії, психотерапії, загальної та медичної психології, наркології та сексології.
ТОВ “Клініка Мотор Січ” є клінічною базою 5 кафедр:
- травматології та ортопедії;
- урології;
- загальної практики – сімейної медицини та внутрішніх хвороб;
- отоларингології;
- фізичної реабілітації, спортивної медицини, фіз. виховання і здоров’я.
ТОВ «ВІТАЦЕНТР» є клінічною базою 6 кафедр університету:
- факультетської хірургії;
- пропедевтичної та хірургічної стоматології;
- акушерства і гінекології;
- анестезіології та інтенсивної терапії;
- внутрішніх хвороб 3;
- медицини катастроф, військової медицини та нейрохірургії.
Медичний центр ТОВ «Візус» є базою 4 кафедр:
- офтальмології;
- загальної хірургії та післядипломної хірургічної освіти;
- факультетської хірургії;
- анестезіології та інтенсивної терапії.
ТОВ «Запорізька обласна клінічна стоматологічна поліклініка» є базою кафедри терапевтичної, ортопедичної та дитячої стоматології.