Клінічні кафедри розташовані на базі провідних закладів охорони здоров’я.
КНП «Запорізька обласна клінічна лікарня» ЗОР є клінічною базою для 10 кафедр ЗДМУ:
КНП «Запорізька обласна клінічна дитяча лікарня» ЗОР є клінічною базою 8 кафедр ЗДМУ:
КНП «Обласна інфекційна клінічна лікарня» ЗОР є клінічною базою 2 кафедр ЗДМУ:
КНП «Запорізький регіональний фтизіо-пульмонологічний клінічний лікувально-діагностичний центр» ЗОР є клінічною базою кафедри фтизіатрії і пульмонології.
КНП «Обласний медичний центр серцево-судинних захворювань» ЗОР є клінічною базою 2 кафедр:
КНП «Обласний клінічний заклад з надання психіатричної допомоги» ЗОР є клінічною базою кафедри психіатрії, психотерапії, загальної та медичної психології, наркології та сексології.
КНП «Обласний медичний центр репродукції людини» ЗОР є клінічною базою кафедри акушерства, гінекології та репродуктивної медицини ФПО.
КУ «Запорізьке обласне бюро судово-медичної експертизи» ЗОР є клінічною базою кафедри патологічної анатомії та судової медицини.
КНП «Обласний перинатальний центр» ЗОР є клінічною базою 2 кафедр ЗДМУ:
КНП «Міська лікарня екстреної та швидкої медичної допомоги» ЗМР є клінічною базою 7 кафедр ЗДМУ:
КНП «Міська лікарня №1» ЗМР є клінічною базою 3 кафедр ЗДМУ:
КНП «Міська лікарня №2» ЗМР є клінічною базою 2 кафедр ЗДМУ:
- загальної хірургії і післядипломної хірургічної освіти;
- клінічної фармації, фармакотерапії, фармакргнозії та фармацевтичної хімії.
КНП «Міська лікарня №3» ЗМР є клінічною базою 2 кафедр ЗДМУ:
КНП «Міська лікарня №4» ЗМР є клінічною базою 2 кафедр ЗДМУ:
КНП «Міська лікарня №6» ЗОР є клінічною базою 4 кафедр ЗДМУ;
ТОВ «ВІТАЦЕНТР» є клінічною базою 5 кафедр університету:
КНП «Міська лікарня №7» ЗМР є клінічною базою кафедри внутрішніх хвороб 2.
КНП «Міська дитяча лікарня №5» ЗМР є клінічною базою 4 кафедр ЗДМУ:
КНП «Міський пологовий будинок №9» ЗМР є клінічною базою для кафедри акушерства і гінекології.
ТОВ “Клініка Мотор Січ” є клінічною базою 5 кафедр:
КНП «Міська лікарня №9» ЗМР є клінічною базою кафедри офтальмології.
КНП «Центр первинної медико-санітарної допомоги №6» ЗМР є клінічною базою кафедри загальної практики – сімейної медицини та внутрішніх хвороб.
Запорізький військовий госпіталь – військова частина А3309 є клінічною базою 3 кафедр:
КНП «Міська лікарня №10» ЗМР є базою кафедри внутрішніх хвороб 2.
КНП «Пологовий будинок №3» є базою кафедри акушерства та гінекології.
Медичний центр ТОВ «Візус» є базою 5 кафедр:
КНП «Стоматологічна поліклініка №3» ЗМР є базою кафедри терапевтичної, ортопедичної та дитячої стоматології.
ТОВ «Запорізька обласна клінічна стоматологічна поліклініка» є базою кафедри терапевтичної, ортопедичної та дитячої стоматології.
ТОВ «Фірма «Вітадент, ЛТД» є базою кафедри пропедевтичної та хірургічної стоматології.